约公元2010年，即第五次圣杯战争的十年后，来自时钟塔的君主埃尔梅罗二世再次来到冬木市，并同当地的远坂家家主联手，对大圣杯进行最终的解体。 由于魔术协会的部分派别妄图不惜一切代价复活大圣杯，双方进行了激烈的对抗，仿佛重现了一场小规模的圣杯战争。 在封印指定执行者的协助下，埃尔梅罗二世一方成功将大圣杯完全解体。 自此，冬木市的圣杯战争宣告终结，世界魔术格局发生重大变化……

第五次圣杯战争中，阿尔托莉雅使用契约胜利之剑劈向圣杯，但圣杯没有爆炸，反而如同四魂之玉般破碎，飞向世界各地。一时间世界各国都出现各种亚种圣杯战争。 最大的一块碎片落在中国，更有传言说那是没有受污染的碎片。由此，各方人员参与其中，各种阴谋开始浮现