約公元2010年，即第五次聖杯戰爭的十年後，來自時鐘塔的君主埃爾梅羅二世再次來到冬木市，並同當地的遠坂家家主聯手，對大聖杯進行最終的解體。 由於魔術協會的部分派別妄圖不惜一切代價復活大聖杯，雙方進行了激烈的對抗，彷彿重現了一場小規模的聖杯戰爭。 在封印指定執行者的協助下，埃爾梅羅二世一方成功將大聖杯完全解體。 自此，冬木市的聖杯戰爭宣告終結，世界魔術格局發生重大變化……

第五次聖杯戰爭中，阿爾托莉雅使用契約勝利之劍劈向聖杯，但聖杯沒有爆炸，反而如同四魂之玉般破碎，飛向世界各地。一時間世界各國都出現各種亞種聖杯戰爭。 最大的一塊碎片落在中國，更有傳言說那是沒有受污染的碎片。由此，各方人員參與其中，各種陰謀開始浮現