近未来，一颗行星从地球一万千米处擦肩而过。 随着灾难而来的，还有魔物。 从那一天开始，人类便在魔物的攻击下节节败退——直到三个月后，新的不知名的物质元素也在人类世界中引起了变化，一部分的少年少女们拥有了被称为“魔法”的能力，人类终于有了反抗的力量。 三年后，被誉为最强魔法师的少年青野真斗，一个人摧毁了最高级别的魔物巢穴，让人类赢得了喘息的机会。 而作为代价，他也失去了使用魔法的能力，变成了一个普通人。 两年后，青野真斗再一次接收到了命令。他将作为一个普通学生，前往目的是培养精英魔法师的百叶高级中学。 失去魔法的少年，究竟能够在这里遇到什么样的人物，又有着什么样的命运呢。 以科学为名的魔法幻想，就此开幕——