那一天，所有的一切都改變了。

天野尋——在經歷那次絕望之後一直在尋找着屬於自己的救贖，不斷的『凈化purify』病原者。但是身為『病原體pathogen』的他，不管如何去做都是會引來那異樣的目光。是的，我的雙親都是被我所害死的。無法饒恕的罪人、可怕的怪物、披着人皮的病毒……這位沒有滿十六歲的少年憑着努力，在專利學院里獲得了優異的成績。而走入了理想的學校就讀，但是，所期望的不是這些，我要當『凈化purify』病原者的『聖職者A clergyman』！不然我無法救贖我自己……獲得了死者的『命之武裝Arms of Desting』走上了與病原者戰鬥的道路！

海盜隨時可能再次發起進攻。 然而父親戰死令軍隊不堪再戰。 再加上繼位時家族宗親的不滿。 以及封臣們對於和平的訴求。 —— “秋分，到底該怎麼辦啊？” 對於快要哭出來的姐姐，秋分只是握着她的手說道。 “交給我就好了。”

長時間在偏遠郊區與神一起生活的零久，第一次離開生活許久的地方決定到大城鎮的上學，沒想到還進城就發生了意外，火紅色長發的少女騎着她那高傲的伊卡洛斯向著零久沖了過來，撞出了故事的起點。