寶可夢聯盟，這是佇立在豐緣地區的聯盟，稱其為彩幽聯盟或彩幽大會，可惜在以前的對戰中，小智卻只進入了八強；自那以後，小智也不見了蹤影。然而，看是和平的聯盟，以為只需要等待新的挑戰者，卻沒想到，一場災難正降臨在這個聯盟的頭上。
此外，剛擊退火箭隊不久的小智，慢慢的睜開他的眼睛，在他面前出現的，則是他的寶可夢。當然，他第一眼看到的，是他那美麗的仙子精靈，仙子精靈可能是累了，只見她正趴在小智的身上沉睡着，小智為了不打擾她，輕輕的撫摸着她小聲念道:“仙子精靈，你已經做的非常好了。”
除了仙子精靈，蒂安希、藤藤蛇、沙奈朵等，也同時陪着小智；也許是因為小智的撫摸，仙子精靈慢慢的睜開了她那粉色的眼睛，看着正被剛醒來沒多久的小智撫摸着，她很高興的叫了起來，可能是因為聲音有點大，所有人包括寶可夢們也都醒了過來。
看着醒來的小智，比起小智的寶可夢，最高興的，還是莎莉娜。
“小智，你終於醒了！”莎莉娜十分激動道。
“是的，讓各位擔心了，還有我昏迷了多久？火箭隊又怎麼樣了？”小智說道。
“唔，小智啊，你可是昏迷了兩天，你昏迷的這兩天，我想火箭隊們可能快到他們所說的聯盟了吧！”希特隆說道。
“是嗎？那我們得趕緊去追他們！”剛醒來沒多久的小智一聽到這個消息，心裡能想到的則是趕緊阻止火箭隊他們。
“先別急小智，我們肯定能追上的，現在最主要的，就是去見一個人，那個人和我們說了，說你從寶可夢中心醒來后，就去綠蘿鎮不遠處的一個花園。”小光打住莽撞的小智說道。
“見我？會是誰呢？你們知道嗎？”聽到小光那麼說小智疑問道。
“不知道，他對我們說了，只要你一個人去。”
“好吧，雖然不知道是誰，那我還是去見一下比較好。”說完，小智立刻朝大門走去，本想把皮卡丘帶去，可是，此刻的皮卡丘早已經被小光的卷卷耳給撲倒了，哪也去不了，沒辦法，小智也只能帶着他的寶可夢去了。
花園裡，那位訓練家眺望藍色的天空，靜靜的站在那裡，當小智來到花園，望着那位訓練家的背影，瞬間明白這位訓練家是誰，雖說之前只和他見過一面，但小智卻將這位訓練家牢牢的記在自己的心裡了。
來到訓練家的跟前，小智簡簡單單的說道：“小赤嗎？”
小赤：“…………”
“好吧，果然是小赤，我想問，你是不是不會說話啊！”
小赤:“……………………………”
“我說，你不會說話我哪知道你找我有啥事啊喂，算了，那我就走了哦！”
小赤：“………………站住。”
“我天，你會說話的啊？那麼，你找我有啥事？只叫我一個人來，難道是要和我約戰嗎？”
“………你看天上。”小赤指了指藍色的天空。
“天上？天上有啥好看的？不就是一朵朵藍色的雲嗎？”小智雖然不情願，但還是看了看那一片藍色的天空。
然而，他剛看沒多久，原本藍色的天空中突然出現了強烈的光芒，小赤和小智下意識的用手遮住了自己的眼睛，不久，強烈的光芒慢慢散去，原本強烈的光芒立刻變成了一隻寶可夢。
“吾名阿爾宙斯，乃世界之神，此次降臨在你們面前。”
“阿爾宙斯！”
小赤：“……………”
“那麼小智及小赤，此次吾的降臨將告訴你們，吾在宇宙中發現，世界正遭受前所未有的大災難，大災難的導火索，則是一些邪惡的人類所創造的那隻白色的寶可夢，現我將這拯救世界的命運，交於你們兩個，希望你們能將世界從黑暗中解救出來！”阿爾宙斯說完，隨着再次耀眼的光芒，立刻不見了蹤影。
“是嗎？世界正在進入黑暗中嗎？那麼，小赤，雖然我現在的實力還不及你，但我相信我們一定能成為最優秀的勁敵，所以，在拯救世界中，我們一起加油吧！”小智不管小赤願不願意，立刻主動的和小赤握了握手后，慢慢的離開了這個地方。
見小智走遠后，小赤獨自一人看了看小智剛剛和他握的手后，微微的笑了笑：“…………成為最優秀的勁敵嗎？”
……
彩幽聯盟，原本祥和的地方，立刻被從遠處而來的攻擊給打破了這份寧靜，這攻擊，瞬間引來了駐守在自己崗位的四天王及聯盟冠軍。
“什麼？這是怎麼回事？彩幽聯盟正在被攻擊中！”四天王包括聯盟冠軍同時說道。
“可惡，到底是誰！”聯盟冠軍米可利大叫道。
“聯盟冠軍米可利，據說你很強，那麼就讓我看看，你的實力到底如何？超夢，速度將他解決掉！”
“哼，不要命令我！”
超夢來到米可利面前，米可利卻不認識這隻寶可夢，更別說他知道自己的實力，只知道有敵來犯，必接受戰鬥。
超夢來到米可利面前，二話沒說就對米可利的寶可夢進行了攻擊，在米可利還沒反應過來，他的寶可夢就已經倒下了。
“什麼，這真是寶可夢嗎？何等有這麼恐怖的實力！”為了防止自己再被突如其來的攻擊給偷襲，米可利立刻警惕起來，並喚出了自己的寶可夢，為了有效壓制這強大的超夢，米可利再次喚出另一隻寶可夢。
雖說用兩隻寶可夢來對戰，但超夢太過於強大，不一會兒就解決了米可利的兩隻寶可夢；看着此時的狀態，四天王也參與了進來。雖然陣容是強大了一點，但超夢也不傻，還請求坂木一同對戰。
僅僅十多分鐘，四天王以及冠軍瞬間被團滅，只留下坂木和超夢依然站在所有人的面前。
“大家，都沒事吧，敵人實在是太強大，難道，這個聯盟要守不住了嗎？現在還有誰能幫幫我們啊！”看着此時的狀況，所有人都陷入了絕望，他們從沒想過，這簡直就像是世界末日。
……
“………噴火龍，大字爆炎。”
“沙奈朵，精神強念！”
正絕望之時，從遠處而來的攻擊瞬間拯救了米可利他們，被救后的米可利他們，朝遠處望去，此時，他們知道，希望已經到來，因為，在他們面前出現的，正是小赤及小智。
“小智！還有那個傳說中的訓練家，小赤！太好了，我們的希望來了，我相信，小赤和小智的聯合，一定能把世界從黑暗中拯救出來！”所有人，包括四天王和米可利他們，都感到了無比的興奮。
“看來臭小鬼以及那位訓練家已經來了呢，那麼，超夢，速度將他們給解決掉！”坂木剛說完，卻被超夢給攻擊了。
“超夢，你！”
“我說了，不要命令我，經過那麼久，我總算想通，我和這些寶可夢一樣，我也是一隻寶可夢，我的理念並不是為了戰鬥，侵略世界，而是能找到一個我很尊重的訓練家！”超夢說道。
“咳咳咳，超夢，你別忘了，你是我創造出來的，我早就知道，你遲早會背叛我，所以，在創造你時，我們早有準備，看來是時候了，哈哈哈！”
坂木不知道從哪裡拿出了一個機器，只見他安了一下后，超夢開始不受控制了。”
“什麼？這是……嗚哇哇哇！”瞬間，從超夢體內散發出了強大的力量，超夢的眼睛，也由最初的藍色，變成了通紅，之後，從他體內爆發出的力量立刻將所有人彈了出去。
“哈哈哈，現在，我的計劃徹底實現了，狂暴的超夢啊，聽我命令，用波導彈摧毀聯盟吧！”
“嗚哇哇哇！”
“不好了，超夢已經陷入了狂暴，大家快阻止他！”米可利大叫道。
“可惡，大家都出來吧！藤藤蛇、仙子精靈、蒂安希……一起去阻止超夢吧！”
“……噴火龍、妙蛙花……你們也去。
“我們這裡也來！”人多力量大的緣故，就連莎莉娜他們也開始參與對戰中來。
可是，狂暴后的超夢就像是無敵的存在，任由寶可夢們攻擊，他都沒有受到一點傷害，不僅如此，他還控制了一切的寶可夢，除小赤小智莎莉娜他們外，其他寶可夢，都沒逃離超夢的控制，更重要的是，每擊敗一隻寶可夢，天空就會越來越黑，超夢也一樣。
“哈哈哈，超夢已經控制住了些寶可夢，那麼，我也該啟動這個神秘的機器了。”坂木看着場上的情況，慢慢的朝那個神秘的機器走去。
坂木剛離機器不遠，小智第一個察覺到了不對勁，緊接着，他收回一部分寶可夢說道：“各位，坂木正朝着一個神秘的機器走去，我想，如果破壞那個機器后，超夢也許就能恢復原來的樣子，所以，拜託了各位，這裡就交給你們了，我直接去坂木那。
所有人：“好的，拜託你了小智，這裡由我們頂着，你快點去！”
“各位…謝謝大家！”小智說完，立刻朝坂木追去。
……
火箭隊的基地里，坂木早已料到會有人跟過來，所以基地里已經布滿了精英守衛，每個守衛的實力都不斐
“看來坂木早已經布滿了陷阱，那麼，各位，接下來我們的對戰開始變得艱難了哦，那麼，大家都出來吧，美洛耶塔、月桂葉、謝米。”
……
“這裡是寶可夢TV，如大家所見，現在世界各地都進入了黑暗，寶可夢們也狂暴了起來，這一切的傑作，正是火箭隊的頭領及超夢的所作所為，我們將進行全程報告！”
“可惡，我們的寶可夢都快耗盡體力了，可超夢以及這些狂暴的寶可夢就像沒受傷一樣！”莎莉娜說道。
“唔，小赤那裡也很吃力啊，即便再強大的訓練家，同時對付這麼多，也吃不消啊。”希特隆說道。
“不知道小智那裡怎麼樣了，果然，如果不打倒坂木，黑暗永遠不會結束。”小光那早已經氣喘吁吁，畢竟，對於一個夢想是成為華麗大賽表演家的訓練師來說，對戰方面真的不算太強。
“什麼？在所有訓練家正在對戰狂暴的寶可夢之時，一位訓練家正朝着火箭隊的本部進攻！”
“那是，小智！”所有人，包括大木、空木、小田卷博士等，看着電視里的小智一同叫道。
“哼哼，沒想到我這次的計劃竟然是你這小鬼頭來阻止我，那麼，你真能阻止我嗎？”坂木說完，立刻把他所有的寶可夢給換了出來，對於現在的小智來說，自己的寶可夢真不是坂木所有寶可夢的對手，可小智並沒有放棄，而是硬着頭皮上，畢竟，他真的很莽。
……
就在小智以為已經解決掉坂木的寶可夢時，坂木卻笑了笑后，立刻將部分暴走的寶可夢包括暴走的超夢給喚到了小智的面前，此時的小智以及他的寶可夢們已經算是筋疲力盡了。
“美，美洛耶塔，精，精神強念，月桂葉……”
“小鬼頭，看來你已經不行了，不怕告訴你，只要我用這個設備啟動頂上的爆炸火箭，所有人，以及寶可夢們，都將化為烏有，到那時，世界上再無寶可夢了，哈哈哈！”
坂木說完，只見小智立刻站起來，一步一步的朝火箭走去。
“哦？你還不死心，我告訴你，你想阻止我已經沒有時間了，火箭十分鐘后將會發射，我是不會讓你去破壞的！超夢以及寶可夢們，集體向小鬼頭攻擊！”“嗚哇哇哇！”
受到坂木的影響，所有寶可夢都朝小智攻擊。
“小智！”小赤、莎莉娜他們為了掩護小智，立刻坐着小赤的噴火龍飛到了坂木面前。
“………為了保護世界，那麼……，就由我們來掩護那個小智！”
“忘記了這位訓練家呢，全體進行反擊！”
“………小智，………加油，……由我們來……掩護你。”
雖說所有人都掩護着小智，但他們卻忘了，超夢早已經來到火箭頂端，當小智來到火箭頂端時，超夢攔住了他的去路。
看着超夢，小智並沒有發動攻擊，因為，他的所有寶可夢也基本上都失去戰鬥能力了。
“超夢，快住手，你快醒醒，我知道，你也不想這樣，你是被控制了，我也知道你很難受，要穩住，我來幫你解除控制！”
“嗚哇哇哇！”
一步，兩步，小智慢慢的接近紅眼的超夢，超夢也在掙扎，掙扎的他一直在攻擊，小智則是用自己的身體一隻接受着超夢的攻擊，即便他很痛苦。
“超……夢，放……放心，我說幫你，就一定幫你！”“嗚哇！”
“可惡，超夢，給我狠狠的攻擊！”
“差一點，就差一點。”終於，頂着超夢攻擊的小智來到了超夢面前，只見他用所有力量，將超夢撲倒在火箭的頂上，用最快的速度，立刻破壞了控制超夢的東西，超夢也從痛苦中得到了解放。
“你叫小智對吧，你為什麼要幫我？我是由別人創造出來的寶可夢，並不是真的寶可夢，可你為什麼還要幫我！”
小智用最純真的笑容說道：“不，你不是創造出來的，對我來說，不論是什麼寶可夢，他們都是一樣的！”
……
坂木看到超夢不受控制后，立刻叫道：“可惡，所有寶可夢，聽我命令直接攻擊火箭！”
霎時，所有寶可夢，立刻朝火箭攻擊而去，在火箭頂上的小智和超夢自然也受到了影響。
“可惡，這個火箭受到攻擊后，就快要爆炸了，超夢，拜託你能幫幫我嗎？”小智說道。
超夢笑了笑，這是他第一次出現的笑容。
“小智，看來我們已經無路可走了，那麼讓我們最後再幫所有人，所有寶可夢一次吧。”超夢說道。
小智用手整理了一下自己的帽子后，同樣笑道：“好的，那我們開始吧！”
一瞬間，超夢用波導彈，小智用最後的力量，一同朝火箭攻擊而去，隨後，受到強烈的攻擊火箭立刻在頂上發生了劇烈的爆炸，黑煙散去，原本完美的樓頂立刻變成了廢墟，不一會兒，廢墟中緩緩升起兩束明亮的光直通雲霄，受光芒的影響，本來黑色的天空再次迎來了光明，被控制的寶可夢們也恢復了正常。
“小智！小智！”沒有回應。不論是誰在呼喚小智，都沒有回應，因為，小智他和超夢，已經化成光恢復了所有世界，廢墟上，只留下小智那紅色的帽子。
所有人，都在為小智的犧牲而哭泣，所有寶可夢，也為小智的犧牲而感到惋惜，只留下莎莉娜、莎莉娜的所有寶可夢以及小智的所有寶可夢，默默的守在廢墟邊。
……
寶可夢世界再次恢復了往日的和平，人和寶可夢們，也再次生活在了一起，然而，小智卻再也回不來了，和平的另一邊，小赤、莎莉娜等，再次來到那片廢墟前，默默的說道：“小智，希望你在另一個世界，能繼續完成你的夢想，也希望，我們以後還能再一起旅行，再一起共同完成各自的夢想。
