公元2066年，人工浮岛“世界树”底部“根”的实验室中。“舞，哥哥一定会救你出去的。”一名淡灰色头发的六七岁男孩背着年龄相仿的黑发女孩讨逃出了实验室。女孩正甜蜜的睡着，丝毫不知两人处境的危险。“站住，臭小子快把黑龙姬交出来！”男孩身后几名穿着防化服的男人边追边喊。

男孩拐入了一个叉路，这时一名看起来只有十七八岁，穿着白大衣的美丽少女迎面走来。“大姐姐！”男孩仿佛看到了救星。少女笑着说：“来，弦。到姐姐这里来。”男孩停下了脚步，向后退了退。“怎么了？快来姐姐这里呀！”少女向前逼近了几个步，她的手中拿着一根注满了蓝色药液的注射器，“快放下黑龙姬，乖乖回去接受实验！”男孩震惊不以，平时对自己很好的大姐姐怎么成了这样的人！“大姐姐，为什么？你明明说过做我的家人的，说好会带我出去的！难道之前说的话都是骗人的吗？”男孩问。

“站住！小子，终于追上你了。”身后的追兵也赶到了，几双铁钳般的大手抓住了男孩，并迅速绑住了他的双手。“放开我，你们这群坏蛋！”任凭男孩如何挣扎，抓住他的手都丝毫没有松开的意思。

这时少女开口了：“把他们都交给我就行了，你们都回去吧。”“可是，南宫教授……”“滚！”少女用和形象丝毫不符的语气说。“那请教授一定要注意，这两人可是藤本所长的计划中最重要的实验品。”那群人中领头的一个嘱咐到，说完向其他人摆了摆手，领着几人离开了。

“怎么样，弦。有没有受伤？”少女关切地问，同时抽出一柄匕首割断了绑住男孩双手的绳子。“大姐姐？”男孩的小脑袋无法理解少女对自己态度的变化。少女好像看出了男孩因为不解而对自己抱有戒心，她甜甜地笑笑说：“傻瓜，姐姐可是说过要做你和舞的家人的。姐姐怎么可能骗你，我们现在就一起离开这里。到一个远离‘根’的地方去。”少年愣了一下，狠狠地点了点头：“嗯！”“好！事不宜迟，快点走。如果被藤本次郎发现了就走不了啦。”少女边去扶倒在地上的熟睡女孩边对男孩说。

“南宫音小姐，你打算把我的实验品带去哪里？”一个男人的声音传来。少女急忙站起身把男孩护在身后。一大群手持激光武器穿着防化服的家伙将三人紧紧包围住。一名瘦小的男子走进了包围圈。他穿着整洁的西装，手持手杖，戴着礼帽，打着领结，胸前的口袋中别着方巾，就像欧洲绅士一样。“藤本次郎，你想干嘛？”少女丝毫不惧对方庞大的阵势，依然勇敢地质问到。绅士男子，这所研究所的所有者藤本次郎笑道：“亲爱的南宫音小姐，你这是什么话？现在是你在试图带走我的所有物才对。好啦，快把他们交给我，回到自己的岗位上去。你可是我研究所中最重要的人才哦。”南宫音愤怒地说：“少在这里假惺惺的了！揭掉你伪善的面具吧！收集孤儿作为实验对象，还打算用孩子的生命当祭品。一开始我甚至以为你是为了对抗异端而对孩子进行改造的，直到我发现了这个。”音从口袋中掏出一张纸。这是一张计划书，标题处写着六个字“诸神黄昏计划”。

“你偷了我的计划书！”藤本惊呼到，随后他的脸变得狰狞而可怕，他狂笑道：“我做的有什么错吗？只要用继承了黑龙之血的黑龙姬做祭品，我就能蜕变为真正的尼德霍格。用区区几个小鬼的命就能成就我，这是多么明智的做法！这个世界早就该重置了，异端就是神的使者。能改变世界的它们才是最美好的姿态。等我成为了尼德霍格，改变了世界，我就是新世界的主宰。人类就应该灭亡！”

“不是的！”一个稚嫩的声音打断了藤本的话，男孩用微小而坚定的声音说：“不是的，人类才不该灭亡！只有你这种人才应该步入地狱！”藤本愣了愣，哈哈大笑起来：“哈哈哈，笑死我了。小子，不要再天真了。这个世界早就腐坏了，现在已经不是好人升入天堂，坏人堕入地狱的时代了。力量才是好与坏的唯一标尺。一号！送这位对我们已经没用处的小少爷去见上帝吧！”藤本身边的那名举着激光枪的男子扣动了扳机。

随着激光子弹出膛的声音，一个身影应声而倒，只见音倒在了血泊之中她的小腹处已被洞穿。她在第一时间将男孩推到了一旁，自己却被击中。“姐姐！”男孩扑到了音身上。音苦笑道：“弦，姐姐没能遵守承诺，对不起。”“姐姐你别说了，你流了好多血。”“唉，音小姐你这是何苦呢？”藤本一副惋惜的样子，“就为了一个没有任何亲人的小鬼。”音撇了那个伪君子一眼，将那根注满了蓝色药液的注射器递给男孩。“姐姐？”男孩很不解。“这是天使的血液，能让你的力量觉醒。让他们见识一下我们的力量！”音说到。

男孩接过注射器看了看，仍在熟睡的妹妹和血泊中几近昏迷的姐姐，将针尖扎向了自己的颈部。“啊啊啊啊啊……”男孩扔下了注射器，痛苦的大喊。蓝色的雷光交织着赤色的烈焰包裹着男孩，在他的身后化为一蓝一赤的一对羽翼，男孩的双瞳也变成了双色的异瞳。

不可能！为什么会有火焰！我植入的明明是雷光天使的骨骼和血液！音惊奇的想到，但很快她的意识便渐渐模糊了。

当音再次醒来已是第二天了。这一天，无论报纸还是电视新闻头条都是“大科学家藤本次郎研究所大火，仅三人生还”。而本已受了致命伤的音和弦、舞两兄妹正是那生还的三人。